大批量菌株,软件一键批量拟合全部生长曲线参数。
一、前期板布局与预处理设置
1. 板位分组标注:在UniExplorer里完成整块微孔板布局编辑,对大批量菌株孔位进行分组命名、标记菌株编号/药物梯度/复孔信息,同时批量勾选并剔除边缘蒸发孔、污染孔、异常基线孔,设置空白对照孔。
2. 基线校正:统一启用BCA背景校正算法,执行全板初始基线扫描,消除背景漂移、结晶、板底干扰,保证全板基线基准一致;开启曲线平滑功能,降低扫描噪声干扰拟合精度。
3. 算法模板设定:选择BCA动力学算法做整体生长曲线提取,预设动力学拟合模型,统一拟合参数阈值(延滞期、比生长速率、最大生物量、AUC计算模板),保存分析模板方便后续复用。
二、UniExplorer一键批量拟合步骤
1. 加载时序实验文件:打开已完成全周期Z轴延时扫描的实验项目,进入动力学分析模块,选中整块板全部有效孔位,支持96孔整板批量选择,无需逐孔手动拟合。
2. 启用内置自动动力学拟合:调用软件原生动力学拟合模块,基于标准微生物生长模型,对全部有效孔生长曲线进行批量非线性拟合,自动输出延滞期λ、比生长速率μ、最大生物量、AUC、代时等全套动力学参数;可同时调用SESA算法批量输出形态参数。
3. 参数复核与质控:复核异常拟合曲线,对明显失真曲线可批量标记排除或微调拟合起止时间窗口;确认复孔参数重复性,避免噪声曲线影响整体结果。
4. 批量导出结果:一键导出全板所有孔位时序数据、拟合参数至CSV/Excel格式,包含菌株ID、时间序列、全部动力学参数与形态参数,实现全板大批量菌株参数汇总;可导出PDF批量报告用于存档。
5. 离线批量处理(超大数据量):导出原始CSV数据后,可在第三方软件(R、Origin、Python/growthcurver等)进行二次批量拟合与统计,进一步做聚类、药敏筛选、统计分析。
三、关键注意事项
1. 统一扫描参数:同一批次实验保持Z轴层数、测量间隔、曝光参数一致,保证拟合基准统一;长周期真菌和细菌批次可分别保存两套模板。
2. 拟合区间设置:根据菌株生长周期统一设置拟合起止时长,例如细菌取前24h,丝状真菌取7天以上全周期,防止参数拟合口径不一致。
3. 对照验证:保留对照菌株参数用于质控,定期复核拟合结果与终点验证数据(CFU、干重)一致性;标注拟合模型版本与参数设置,满足SCI可重复性要求。
4. 数据备份:保存原始图像堆栈和UniExplorer工程文件,避免仅保留导出参数丢失溯源信息。
四、适用场景
适合高通量菌株筛选、大规模药敏MIC动力学测定、突变株生长表型筛查、抗真菌药物批量筛选,大幅减少逐孔手动拟合耗时,提升大批量菌株动力学筛选效率。
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