滇黄精水提物促进罗伊氏乳杆菌生长增殖和定植的作用机制（三）
3结果
3.1滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838生长曲线的影响
MRS培养液培养的L.reuteri 1.2838与滇黄精水提物共孵育后，L.reuteri 1.2838的生长曲线如图1A所示。菌株生长趋势相近，0-2 h为菌株生长延滞期，细菌生长缓慢，群体生长速率近于零。2-10 h时菌株进入对数生长期，菌株以最大的速率进行生长和增殖，菌株生长曲线呈快速上升趋势。10 h时进入菌株生长稳定期。与滇黄精水提物共孵育后L.reuteri 1.2838能够更快进入生长对数期。平台期给药组OD600nm值均高于空白组。推测滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838生长有一定促进作用。
图1滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838生长和AI-2生成的影响
注：A.滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838生长曲线的影响；B.滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838 AI-2生成的影响；**：P<0.01。
3.2滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838群体感应信号分子AI-2生成的影响
与滇黄精水提物共孵育的L.reuteri 1.2838 AI-2产量高于空白组，提示滇黄精水提物能一定程度提高罗伊氏乳杆菌群体感应信号分子AI-2的生成量（图1B）。
3.3转录组测序数据质控
3.3.1测序数据的质控
为了深入了解滇黄精水提物对L.reuteri 1.2838的促生长及促AI-2产生机制，本实验对正常L.reuteri 1.2838和给予滇黄精水提物共孵育的L.reuteri 1.2838样品进行转录组测序。获得26.44 Gb有效数据，各样品有效数据均达到3.04 Gb以上，Q30碱基百分比在95.09%以上（表2）。将样品有效数据与指定基因进行比对，比对率从81.55%到92.24%不等。各组表明本实验菌株转录组数据库质量较高，可用于后续数据分析。
表2测序质控数据统计
注：样品A28381-1-A28381-4为正常组；A28382-1-A28382-4为滇黄精水提物组；Q20：Phred数值大于20的碱基占总碱基的百分比；Q30：Phred数值大于30的碱基占总碱基的百分比。
主成分分析（PCA）显示，正常组和滇黄精水提物组呈现显著分离，表示组间差异明显。在PCA图中，样本点之间的聚集程度反映了样本之间的相似性。如图2所示，给药组样本点之间距离较近，说明样本之间的差异性较小，表明样品制备合理可用于后续分析。
图2样本PCA图
3.4各组L.reuteri 1.2838转录水平差异及显著差异基因的分析
3.4.1差异表达分析
对样本采用DESeq 2分析，筛选条件设为Padj<0.05且|Log 2（fold change）|≥1.5以获得差异显著表达基因。结果显示共有425个差异表达基因，其中253个基因表达被滇黄精水提物干预上调，172个基因表达被滇黄精水提物干预下调。说明经过滇黄精水提物处理的L.reuteri 1.2838许多基因在mRNA水平有差异表达（图3）。
图3差异表达基因火山图
3.4.2差异转录本的功能注释和富集分析
3.4.2.1 GO数据库功能注释和富集分析
GO是基因本体论的简称，是基因功能国际标准分类体系[10]。GO分为分子功能（Molecular function）、生物过程（Biological process）和细胞组成（Cellular component）三个部分[11]。通过GO数据库对富集程度最大的前20条差异转录基因进行分类。差异转录本的GO分类如图4A所示。差异基因主要富集在分子功能（Molecular function）中，然后为生物过程（Biological process）和细胞组成（Cellular component）。其中，细胞质（Cytoplasm）、膜组成部分（Integral component of membrane）、三磷酸腺苷结合（ATP binding）和翻译过程（Translation）等组别中差异基因富集较多。
图4差异基因富集分析图
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